Peynir, kelimesi modern Türkçe'ye Farsça sütten yapılmış manasına gelen panīr kelimesinden geçmiştir. İngilizce'ye ise Latince caseus dan gelmiştir. Bu kelimenin kökeninin Hint-Avrupa dillerinde yeralan mayalanmak-ekşimek manasına gelen kwat- kökünden geçtiği düşünülmektedir. Bu kelime diğer Cermen dillerinde de muhafaza edilmiştir. İspanyolca ve Portekizce de Latinceden almışlardır ve Malezya ve Endonezya da konuşulan dillere de keşifler vasıtasıyla geçirmişlerdir.

Fransızca, İtalyanca ve Katalanca'ya ise yine aynı kökenden gelmiş olmasına ragmen, Romalılar tarafından askerlerin tüketimi için yapılan caseus formatus (kalıp peyniri) sözünün ikinci parçası olan kalıp manasına gelen formatus'dan türeyen kelimeler kullanılmaya başlanmıştır. İspanyolcada "queso", Portekizcede "queijo", Almancada "Käse", Flemenkçede "Kaas", ve İngilizcede "cheese" İtalyancada "formaggio" olması yanında, Fransızcada "fromage", ve bu terim Katalanca'da "formatge" olmuştur.